Les racines du mouvement naturopathique proprement dit sont à trouver au XIXe siècle, dans le cadre de l’hygiénisme qui accompagne la révolution industrielle dans les pays germaniques et anglo-saxons.
Le terme « naturopathy » naît aux États-Unis, et semble employé pour la première fois par John Scheel en 189516, puis popularisé par Benedict Lust, père spirituel de la discipline17. Tous deux sont déjà praticiens de médecine non conventionnelle, et très inspirés par les théories hygiénistes allemandes telles que celle de Sebastian Kneipp18. À cette époque, Lust définit la naturopathie comme une discipline plutôt que comme une médecine précise, et décrit surtout une hygiène de vie rigoriste fondée sur le refus du tabac, de l’alcool, de la caféine et des abus alimentaires, associée à une prophylaxie mêlant la phytothérapie et l’homéopathie.
En Europe, jusqu’à la première guerre mondiale, la médecine populaire est encore essentiellement basée sur les guérisseurs traditionnels.
En France, c’est Pierre-Valentin MARCHESSEAU (1910-1994), biologiste, diplômé en philosophie, professeur d’éducation physique et naturopathe qui est à l’origine de la naturopathie. Dans les années 60, il crée une école de naturopathie, la Faculté Libre de France. Ses enseignements sont basés sur le principe de l’hygiène vitale. Ses écrits mettent en avant le respect des règles de la vie saine en se basant sur des méthodes préventives grâce aux techniques naturelles de santé.
Les autres pays européens ont aussi leurs propres naturopathes de renom comme le Docteur Catherine KOUSMINE en Suisse, le Docteur SALMANOFF en Russie, Johanna BUDWIG ou Louis KUHNE en Allemagne.